常用工具

生物信息学分析常用的工具和资源汇总。

编程环境

R 语言

  • R：https://www.r-project.org/
  • RStudio：https://posit.co/download/rstudio-desktop/
  • Bioconductor：https://www.bioconductor.org/

Python

  • Python：https://www.python.org/
  • Anaconda：https://www.anaconda.com/
  • Jupyter：https://jupyter.org/

生物信息学工具

序列分析

  • BLAST：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
  • Clustal Omega：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
  • EMBOSS：http://emboss.sourceforge.net/

基因组分析

  • IGV：https://software.broadinstitute.org/software/igv/
  • UCSC Genome Browser：https://genome.ucsc.edu/
  • Ensembl：https://www.ensembl.org/

转录组分析

  • DESeq2：Bioconductor package
  • edgeR：Bioconductor package
  • limma：Bioconductor package

网络分析

  • Cytoscape：https://cytoscape.org/
  • igraph：R/Python package
  • NetworkX：Python package

结构生物学

  • PyMOL：https://pymol.org/
  • SWISS-MODEL：https://swissmodel.expasy.org/
  • AlphaFold：https://alphafold.ebi.ac.uk/

数据库

基因组和序列

  • NCBI GenBank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
  • UniProt：https://www.uniprot.org/
  • Ensembl：https://www.ensembl.org/

基因表达

  • GEO：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
  • ArrayExpress：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
  • GTEx：https://gtexportal.org/

蛋白质相互作用

  • STRING：https://string-db.org/
  • BioGRID：https://thebiogrid.org/
  • IntAct：https://www.ebi.ac.uk/intact/

通路和功能

  • KEGG：https://www.kegg.jp/
  • Reactome：https://reactome.org/
  • Gene Ontology：http://geneontology.org/

在线工具

功能富集分析

  • DAVID：https://david.ncifcrf.gov/
  • Enrichr：https://maayanlab.cloud/Enrichr/
  • Metascape：https://metascape.org/

基因集分析

  • GSEA：https://www.gsea-msigdb.org/
  • MSigDB：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/

学习资源

在线教程

  • 生信技能树：https://www.biotrainee.com/
  • Biostars：https://www.biostars.org/
  • Galaxy Training：https://training.galaxyproject.org/

书籍

  • 《生物信息学》
  • 《R语言实战》
  • 《Python for Data Analysis》

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