🛠️ 常用工具¶
生物信息学分析常用的工具和资源汇总。
编程环境¶
R 语言¶
- R：https://www.r-project.org/
- RStudio：https://posit.co/download/rstudio-desktop/
- Bioconductor：https://www.bioconductor.org/
Python¶
- Python：https://www.python.org/
- Anaconda：https://www.anaconda.com/
- Jupyter：https://jupyter.org/
生物信息学工具¶
序列分析¶
- BLAST：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
- Clustal Omega：https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
- EMBOSS：http://emboss.sourceforge.net/
基因组分析¶
- IGV：https://software.broadinstitute.org/software/igv/
- UCSC Genome Browser：https://genome.ucsc.edu/
- Ensembl：https://www.ensembl.org/
转录组分析¶
- DESeq2：Bioconductor package
- edgeR：Bioconductor package
- limma：Bioconductor package
网络分析¶
- Cytoscape：https://cytoscape.org/
- igraph：R/Python package
- NetworkX：Python package
结构生物学¶
- PyMOL：https://pymol.org/
- SWISS-MODEL：https://swissmodel.expasy.org/
- AlphaFold：https://alphafold.ebi.ac.uk/
数据库¶
基因组和序列¶
- NCBI GenBank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
- UniProt：https://www.uniprot.org/
- Ensembl：https://www.ensembl.org/
基因表达¶
- GEO：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
- ArrayExpress：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
- GTEx：https://gtexportal.org/
蛋白质相互作用¶
- STRING：https://string-db.org/
- BioGRID：https://thebiogrid.org/
- IntAct：https://www.ebi.ac.uk/intact/
通路和功能¶
- KEGG：https://www.kegg.jp/
- Reactome：https://reactome.org/
- Gene Ontology：http://geneontology.org/
在线工具¶
功能富集分析¶
- DAVID：https://david.ncifcrf.gov/
- Enrichr：https://maayanlab.cloud/Enrichr/
- Metascape：https://metascape.org/
基因集分析¶
- GSEA：https://www.gsea-msigdb.org/
- MSigDB：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/
学习资源¶
在线教程¶
- 生信技能树：https://www.biotrainee.com/
- Biostars：https://www.biostars.org/
- Galaxy Training：https://training.galaxyproject.org/
书籍¶
- 《生物信息学》
- 《R语言实战》
- 《Python for Data Analysis》