🧬 生信流程 (BioinfoTalus)¶

项目简介：面向生物信息学转录组数据分析的 R 脚本集合，覆盖 Bulk 转录组、单细胞转录组与空间转录组三大领域。

贡献者致谢

本模块由 @BioConvolutionyt 贡献（生物信息学23级lyt），感谢分享！🎉

🎯 项目特点¶

✅ 既可作为一套完整 pipeline，也可独立使用
✅ 可泛化 + 注释较完整：核心步骤与关键参数已尽量写成可迁移的形式
✅ 提供示例数据与部分运行结果

📚 模块概览¶

Bulk 转录组测序数据分析¶

分析类型	主要内容
数据处理	TCGA/GEO 数据处理、表达矩阵整理
差异分析	DESeq2 差异分析
富集分析	GO、KEGG 富集分析、GSEA
免疫分析	免疫浸润 (CIBERSORT)、免疫/肿瘤/基质评分 (ESTIMATE)
生存分析	生存分析、单因素/多因素 COX 回归、LASSO、Nomogram
其他	WGCNA、药物敏感性分析、免疫检查点分析

单细胞转录组测序数据分析¶

分析类型	主要内容
基础流程	Seurat 主流程（读入/QC/聚类/去批次）
细胞注释	自动注释、手动注释
质控	双细胞检测、细胞周期评估
高级分析	CNV 推断、拟时序分析、发育潜能、细胞通讯

空间转录组测序数据分析¶

分析类型	主要内容
基础流程	Visium 读入与聚类
反卷积	空间反卷积（基于单细胞先验）
空间分析	空间差异基因、空间细胞通讯

💡 示例数据说明¶

数据类型	来源	描述
Bulk 转录组	TCGA-HNSC	头颈部鳞状细胞癌
单细胞转录组	GSM9113377-9	结直肠癌样本
空间转录组	GSM8594561	结直肠癌样本

🚀 快速开始¶

1. 获取代码¶

git clone https://github.com/Hinna0818/Bioinfo-SMU.git
cd Bioinfo-SMU/BioinfoTalus

2. 下载数据¶

从 GitHub Releases 下载示例数据：

下载所有 data_split*.zip 文件
解压并放置到 Data/ 目录下

3. 运行分析¶

建议使用 RStudio 打开 BioinfoTalus.Rproj，按需运行各模块脚本。

📍 推荐运行顺序¶

Bulk 转录组单细胞转录组空间转录组

TCGA表达数据处理.R → 生成表达矩阵
差异分析.R → DESeq2 差异分析
GO & KEGG富集分析.R / GSEA.R
免疫、肿瘤、基质评分计算.R
生存分析.R → 单因素COX回归.R → 多因素COX回归.R
其他按需选用

数据读入与 QC
聚类与去批次
细胞注释
高级分析（拟时序、细胞通讯等）

Visium 数据读入
聚类分析
空间反卷积
空间差异基因分析

📂 目录结构¶

BioinfoTalus/
├── Bulk 转录组测序数据分析/
│   ├── TCGA表达数据处理.R
│   ├── 差异分析.R
│   ├── GO & KEGG富集分析.R
│   ├── GSEA.R
│   ├── 生存分析.R
│   └── ...
├── 单细胞转录组测序数据分析/
│   ├── Seurat主流程.R
│   ├── 细胞注释.R
│   └── ...
├── 空间转录组测序数据分析/
│   ├── Visium读入与聚类.R
│   └── ...
└── Data/  (从 Releases 下载)

🔗 相关链接¶

🙏 致谢¶

感谢 @BioConvolutionyt 贡献本模块代码！

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